Центральная церковь освящена во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Четыре церкви — Трех Патриархов Константинопольских, Киприана и Иустины, Александра Свирского и Григория Армянского — освящены во имя святых, в день памяти которых произошли важные события похода. В программе посвящений церквей собора нашли отражение и другие важные события русской духовной жизни второй половины XVI в.: явление в вятских землях нового образа Николая Чудотворца, прославление преподобных Варлаама Хутынского и Александра Свирского. Восточная церковь посвящена основному догмату христианской веры — Святой Троице. Западная церковь Входа Господня в Иерусалим связывает собор с образом Небесного Града. Впоследствии к Покровскому собору были пристроены две нижние церкви: во имя святого Василия Блаженного (1588) и Блаженного Иоанна Московского (1672). Покровский собор богато украшен настенными росписями, обладает внушительной коллекцией древнерусской иконописи и шедевров церковно‐прикладного искусства. Уникален ансамбль 11 церквей с полными иконостасами, интерьеры которых отражают историю храма на протяжении четырех с половиной столетий.