Сам музей располагается в здании бывшего морского вокзала и между двумя пристанями: бывшей Соборной (ныне Красной) и так называемой пристанью Дальних экспедиций. Здесь же находился ресторан "Север" и таможенные склады. Музей был создан в 1970-е годы моряками Северного морского пароходства. В 1993 году музей получил статус государственного. Экспонаты музея «рассказывают» всю историю морского освоения Севера, начиная с морского устава, написанного Петром I (в нашем фонде перепечатка 1825 года).